インボイス制度が開始すると、適格請求書発行事業者は、仕入税額控除を適用するため、インボイスの保存が必要となります。

現行の制度では、「３万円未満の課税仕入れ」ものは、帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められる特例がありますが、インボイス制度の開始後はこの特例がなくなり、一部を除き、3万円未満であっても原則インボイスの保存が必要となります。
※簡易課税制度適用の場合は、インボイス保存の要件はありません

保存要件が免除され、帳簿保存のみで仕入税額控除が認められているのは以下の9つです。
① 適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の公共交通機関による旅客の運送
② 適格簡易請求書の記載事項（取引年月日を除きます。）が記載されている入場券等が使用の際に回収される取引
③ 古物営業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの古物の購入
④ 質屋を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの質物の取得
⑤ 宅地建物取引業を営む者の適格請求書発行事業者でない者からの建物の購入
⑥ 適格請求書発行事業者でない者からの再生資源又は再生部品の購入
⑦ 適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の自動販売機及び自動サービス機からの商品の購入等
⑧ 適格請求書の交付義務が免除される郵便切手類のみを対価とする郵便・貨物サービス（郵便ポストにより差し出されたものに限ります。）
⑨ 従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等（出張旅費、宿泊費、日当及び通勤手当）
※ 国税庁Q&A　問88：
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-01.pdf#page=121

上記を除き、少額でもインボイスの保存が必要になり、インボイス制度開始の際の大きな変更点となります。
現在の保存状況で対応が可能なのか、確認されるのがよいかもしれません。

(ari)